如今，在绝大多数的试管婴儿周期中，由于超促排卵，会产生多个胚胎。为提高活产率、减少多胎妊娠率，一般选择1-2个最好的胚胎进行移植。多余胚胎被冷冻保存。选择好的胚胎会提高试管婴儿的成功率祈祷至关重要的作用，那么要如何选择好的胚胎呢？
胚胎选择最常用的方法为形态学评估，但依据形态学筛选后适合移植的胚胎不超过总数的35%；另一种胚胎选择的方法是基因筛选（PGD）。经典的PGD是取第3天胚胎中的一个细胞荧光原位杂交（FISH)进行染色体非整倍体分析，选择染色体为整倍体的胚胎进行移植。
形态学评估：
一、胚胎的生长速度
胚胎的发育是精子和卵子在受精后的16-20个小时，卵子出现雌雄两个原核，24-26小时分裂成二细胞，44-48小时为四细胞，64-72小时则为6-8细胞，105-110个小时后就会变成胚囊。
二、胚胎中的碎片多少
许多的试管婴儿中心，把碎片体积少于总体积5%的胚胎认为是最好的，25%以下都为可以用的，50%以上的都是不能进行移植的。国外有的生殖中心会通过显微操作的方式把胚胎中的碎片抽取出来，然后再进行胚胎的移植，认为这样可以提高胚胎的种植率。但是现在为止比较一致的看法还是尽量选择随便小而少的胚胎，这样的胚胎有利于移植后的成活。
基因筛选PGD：
还有一种情况会影响胚胎的发育，那就是夫妻染色体的异常。这样会使胚胎长到一定的阶段就停止，即使是年轻的妇女做试管婴儿重复的失败机会也是很高的。多数试管婴儿失败是由于胚胎本身染色体的异常引起的，而这些胚胎在移植前都是正常的。如果在移植前能够为一个或者两个细胞做检查即第三代试管婴儿PGD检查，这样就可以检查出染色体有问题的胚胎，植入正常优质的胚胎，提高试管婴儿胚胎着床率和成功率！
植入正常的胚胎会增加胚胎的着床率，对要求双胞胎的家庭会植入两个以上的胚胎也是很有助于成功的。所以选择胚胎，对试管婴儿的成功是很重要的。